2011年10月，经国务院学位委员会批准，我校成为首批实施“服务国家特殊需求人才培养项目”的全日制临床医学硕士专业学位培养单位，并于当年开始招生，目前全日制在校生847人，全日制有8届毕业生。同等学力在校443，已有4届毕业生，临床医学2014年获批陕西省优势学科。

目前已建成了较为完善的临床医学实践教学基地。现有6所直属附属医院。其中，第一附属医院（第一临床医学院、全科医学院）设有专科院中院3个，是国家住院医师规范化培训综合基地、国家药物临床试验机构、陕西省唯一的国家级全科重点专业基地，有国家级标准化示范中心4个，省级临床重点专科和省医学优势专科6个，省高校优势学科3个，陕西高校“一流专业”1个，省呼吸疾病预防与控制工程中心1个，省临床疾病研究分中心5个。西北首家开展体外膜肺氧合技术（ECMO），与美国韦伯州立大学合作建立了西北地区一流呼吸加强病房，呼吸治疗在国内外已形成一定影响力。第二附属医院（第二临床医学院)设有临床医学系和麻醉医学系，省临床重点专科和优势学科6个、省级重点实验室1个，心血管内科、眼科为陕西省临床医学研究分中心，眼科是国家眼部疾病临床医学研究中心光明中心，呼吸与危重症医学科为国家PCCM科规范化建设达标单位。组建了首个“西北眼免疫联盟”和“灞桥区医疗集团”。